É obra total, com operações de consolidação estrutural, de recuperação de coberturas, reabilitação de espaços, de obra nova, de conservação e restauro.

Envolve todos os espaços da Igreja, e o que sobrou do Convento e Paço Real demolidos no final do Sec. XIX, após um processo de declínio e abandono que se inicia com a perda da independência em 1640, seguindo-se o saque pelas invasões francesas e a extinção das ordens religiosas.

A cidade apropria-se deste espaço, e do edificado conventual e Paço Real que se desenvolvia para nascente da Igreja e onde a vivência monástica e o quotidiano da Corte se misturavam, subsiste a ala oriental com a Sala do Capítulo, a Capela dos Ossos e três tramos originais da ala nascente do Claustro, uma interpretação em ruína das arcadas do claustro norte adossado à igreja e um pórtico do claustro poente que limita o pequeno jardim que sobrou para o templo.

A intervenção necessária, suporta-se em quatro grandes acções que se realizam em sobreposição e simultaneidade:

- reconsolidação estrutural, através de um sistema de pregagens integrado na massa das paredes e contrafortes interiores e de tirantes na nave, para introdução da adequada resistência do edifício e do complexo à acção sísmica regulamentar, também para reposição da antiga Sala Régia inutilizada no séc. passado;

- reposição da antiga ala das celas dos monges do convento sobre a sala do Capítulo e Capela dos Ossos, recém redescoberta, para espaço museológico do espólio da Igreja, em articulação com um novo sistema de acessibilidades, por forma a separar circuitos de visita e percursos de culto e liturgia;

- substituição integral das coberturas existentes e seus sistemas de drenagem, para eliminar grande parte das patologias do edifício, incluindo a realização de uma cobertura sobre o percurso do claustro;

- conservação e restauro como deve ser, no respeito da marca do tempo e sem excessos de esplendor porque provavelmente nunca os tiveram, de pinturas murais e de cavalete, altares e respectivas talhas, imagens, azulejaria, artefactos religiosos, etc., que constitui todo o património móvel e integrado.

Incluindo naturalmente, a Capela dos Ossos, espaço de meditação e reflexão sobre a brevidade e transitoriedade da nossa existência.